1989. a. hakati laiemalt tegelema baltisaksa teemaga. Initsiaatorid olid Kivimäed, kes kutsusid Tallinna kokku asjast huvitatud inimesi, ka Tartust, kes seotud oma uurimistööde kaudu baltisaksa temaatikaga. Kokku saadi tollase Teaduste Akadeemia raamatukogu kohvikus, kus otsustati asutada Baltisaksa Kultuuriselts Eestis. Seltsi põhikohaks sai Tallinn, kuid filiaal otsustati luua Tartus. Läksin tagasi Tartusse ja kutsusin kokku nii ajaloolasi, biolooge, astronoome jt, kes puutusid kokku baltisaksa teemaga. Kuid tartlased, eesotsas Tiit Matsulevitšiga leidsid, et me ei ole mingi filiaal, vaid asutati hoopis uus selts – Akadeemiline Baltisaksa Kultuuriselts Tartus. Need kaks seltsi tekitasid esialgu segadust, eriti baltlaste hulgas. Esimeseks esimeheks Tartus valiti prof Helmut Piirimäe.
Baltisakslaste huvi uute seltside vastu oli tohutu, nii nende, kes olid siit lahkunud Umsiedlung` iga, kui ja järeltulijate, kes tunnetasid end baltisakslastena (näiteks Pistholkorsid). Baltisakslaste rahadega said mõlemad seltsid õilmitseda ja kuna sularaha oli, sai korraldada pidusid ja väljasõite. Tallinna ja Tartu seltsi vahel oli väikseid hõõrumisi, kuid ühine suurem ettevõtmine oli 1990. a (?) suvel noorte baltisakslaste retk kodumaale (just nimelt „kodumaale“ – Heimatland oli baltlastele tavapäraselt Eesti või Läti, Saksamaa oli Faterland) Sellel osalesid aadlisuguvõsade noored inimesed, keda juhtis pastor Brehmen koos abikaasaga. Sakslased peatusid siin meie seltside liikmete kodudes.
Keeruline oli sakslaste suhtumine natsismi, eriti Lääne-Saksast pärit inimeste puhul, kelles oli kasvatatud süütunnet natsi-Saksamaa tegude suhtes. Kui eestlased hakkasid seltskondlikul olengul laulma „Horst Wesselit“, siis sakslased oleks ehmatusest laua alla kukkunud. Meie jaoks oli see laul aga vastupanu sümbol nõukogude võimule.
ABSKS Tartus andis välja ka regulaarselt ilmunud toimetisi, milles avaldati kokkuvõtteid/teese pikematest teaduslikest käsitlustest – tutvustades seeläbi baltisakslust läbi sajandite ja mõtestades selle tähendust meie jaoks. Tartus tegeldi peamiselt baltisaksluse akadeemilise tahuga – ülikool, õppejõud, maalikunst jm kultuuriline väljund, Tallinna seltsis poliitilise ajalooga, sh Umsiedlung.